La seconda stagione ritrova il principe Lelouch del tutto inconsapevole della lunga battaglia combattuta l’anno precedente contro l’Impero di Britannia.
L’impero di Britannia ha relegato gli Eleven in una zona di correzione per mostrarli come esempio della forza brutale da evitare, per provare ad impedire qualsiasi rivolta futura e soffocare qualsiasi tipo di pensiero ribelle. Lelouch studente delle scuole superiori, ha dimenticato il suo passato da ribelle e si incontra con una donna misteriosa conosciuta come C.C., che gli rivela il suo vero scopo e la sua vera natura. Lelouch si rimette a capo dei ribelli giapponesi, lotta contro i suoi aggressori dichiarandosi ancora una volta Zero, convinto di voler portare a termine quello che aveva iniziato.
